Tror nok jeg ville fjernet skjellene hvis jeg var deg.
Å tilsette ting for å endre pH/hardhet er ikke å anbefale med mindre du virkelig vet både hva du gjør, hva du vil, og hvorfor du vil det. Du risikerer fort å lage fler problemer for deg selv enn du løser.
Men å fjerne ting for å hindre at pH/hardhet endrer seg i uønsket retning er uproblematisk. Hvis du virkelig ønsker å ha dem uten at de skal påvirke vannet, kan du dekke dem med drikkevannsgodkjent epoxy, men det koster gjerne en del hundre kroner for en bøtte, og det vil nok ta noen dager å rengjøre og forsegle skjellene og deretter la dem tørke/herde.