Jeg regner med at du mener at vannet blir brunlig ? Det er det som pleier å skje når man ikke "vanner ut" røttene på forhånd. Ta dem ut, bytt en god del vann og fortsett innkjøringen uten røttene. Røttene legger du i en bøtte for seg selv, med rent vann. Skift vann på dem ofte. Med litt flaks blir de klare til akvariet er ferdig innkjørt.
Når du sier "ammonium", hva er det du bruker eksakt ? Umulig å si hvor mye du trenger før vi vet hva det er du bruker.
Ellers kan du lese om fiskeløs innkjøring
her, og
her.