Kanskje kalkavleiringer eller noen slags biofilm.
Klor hørtes fryktelig drastisk ut. Har du noen levende planter eller dyr i akvariet, vil de neppe sette pris på denslags.
Går det ikke vekk med en våt klut (uten noen kjemikalier på), så vil jeg foreslå å enten heve vannstanden for å skjule merkene, eller lære deg å leve med dem.