Akkurat som man i blant må stille en klokke for å få den helt nøyaktig på sekundet, så må man i blant justere en digital ph-penn. Dette gjør man ved å bruke kalibreringsvæske. Denne kalibreringsvæsken har en kjent, bestemt ph-verdi. La oss si du har kjøpt kalibreringsvæske for ph 7. Når pennen stikkes ned i denne, skal den vise nøyaktig ph 7.0. Om den viser noe annet, f.eks. 7.2 eller 6.9, må pennen justeres med justeringsskruen til displayet viser 7.0.
Når det er gjort, er pennen ferdig kalibrert.
Brukt kalibreringsvæske kastes.