Innavl øker sjansen for at et individ arver genetiske sykdommer. Det er det som gjør at dem kan få dårligere helser. De kan også lettere arve gode egenskaper også, slik som farge osv.
For å forenkle det så gir hver foreldre halvparten av sine kromosomer til sine avkom (sett bortifra krysninger). Mange skjeldne genetiske sykdommer krever at samme gen i et kromosom fra både mor og far er skadet. Hvis man bare har et slikt gen som er skadet, vil man ikke være syk, men man kan spre sykdommen videre.
Det vil da være 50 % sjanse for at akkurat det kromosomet med det syke genet fra moren blir overført til et avkom (hvis man ser dem hver for seg). Da det også krever at faren også gir et av sine kromosomer med det syke genet vil det da være 1/2*1/2 =25% sjanse at avkommet blir syk. Men sjansen for at begge foreldrene i hele tatt bærer på genet er forsvinnende liten.
Hvis moren bærer 1 kopi av det syke genet, vil 50% av første generasjon (F1) bli bærere av genet. I andre generasjon (F2) vil to individer som begge er bærere av det syke genet kunne pare seg. Da vil 25% av disse bli syke, mens 50% arver det syke genet. Hvis to syke formerer seg vil alle avkom bli syke. Hvis disse blir isolerte vil man få det som kalles rene linjer. Dette gjelder også for positive egenskaper, så det er alltids en risk med innavl, selv om det alltid er en risiko for at det føre med seg negative egenskaper slik som kortere livsløp, dårlig immunforsvar eller missdannelser.
