At man har nitrat i vannet, viser at filteret fungerer som det skal, så man blir aldri helt kvitt nitratet. Og som nevnt over, er det gjødsel for plantene. Resten må man kvitte seg med ved hjelp av vannbytter. Hvor mye nitrat som er greit å ha i vannet, kommer faktisk litt an på fisken også. Kulefisk skal ikke ha nitrat på over 20 mg/l - de er svært følsomme mot dette. Andre kan tåle mer. Men skal skal forsøke å holde nivået lavt. Nitrat i store mengder er giftig for fisk.